過了幾百年，天主教派那邊才陸續收復失地，然後就是西班牙帝國、大航海時代、地理大發現，菲律賓也就是這個時代被殖民，所以西班牙殖民者以當時還是王儲的國王腓力二世之名，命名那位於西太平洋、中國東南沿海以外的群島為「Las Filipinas」，這就是「菲律賓」名稱的由來。